番禺区妇幼保健院中医科室设置架构完善，以传统中医药为主要治疗手段的特色科室。中医科设有中医妇科、中医儿科、中医内科、中医治未病科、中医骨科。设有中医妇科病房,有中医妇科治疗室、中医儿科治疗室、中医护理门诊、针灸推拿治疗室等。

中医科门诊人才梯队建设合理，后备力量雄厚，有中医博士研究生1名，进站博士后1名，硕士10人。其中正高3人，副高3人，主治6人。

近年来，中医科开设各种亚专科，包括中医不孕不育专科、更年期综合征门诊、优生备孕门诊、中医呼吸专科、中医消化专科、中医治未病专科、中医减肥专科、中医护理门诊等，以满足广大群众就医需求。科室中医特色浓厚，开展火龙罐、火龙灸、蜡泥灸、穴位埋线、盆腔综合治疗、平衡罐、刮痧、脐灸、耳豆压穴、中药药物封包、穴位贴敷、针灸等多项中医特色治疗项目。

中医妇科是全国妇幼健康中医（中西医结合）基层重点专科，“十四五”省级中医药临床重点专科建设项目，广州市中医特色专科培育项目；是岭南罗氏妇科流派传承工作室分工作站，罗颂平全国名中医工作室分工作站；第四批样板妇孺国医堂、广东省妇幼保健机构中医药工作示范基地。科室构建“孕前调理–助孕-安胎- 产后康复”全周期中医药服务链条，优势病种是先兆流产（复发性流产）、多囊卵巢综合征、围绝经期综合征、不孕症等。

中医儿科作为我科重点发展的特色专科之一，坚持以中医药为主导，融合现代儿科诊疗理念，致力于儿童常见病、多发病及部分疑难病症的防治。科室骨干师承广东省名中医邹旭教授，传承岭南中医儿科流派经验，充分发挥中医药“简、便、验、廉”的优势，积极开展“治未病”理念在儿童保健中的应用，通过体质辨识与调养指导，帮助儿童增强体质、预防疾病、促进健康成长。

中医内科作为我院中医科室的重要组成部分，专注于成人常见病、多发病以及慢性疾病的诊断与治疗。开设了如中医呼吸专科、中医消化专科、中医治未病专科、中医减肥专科、中医睡眠障碍专科等多个亚专科，能够为患者提供个性化的诊疗方案。

中医骨科以其独特的治疗方法和技术，致力于解决各类骨骼肌肉系统的疾病，继承和发展传统的中医骨伤治疗方法，如手法复位、中药外敷、小针刀等中医特色疗法。

2021年我院开设中医护理门诊，开展火龙罐、平衡火罐、火龙灸、脐灸、刮痧、腕踝针等中医适宜技术。2022年至2025年中医护理门诊诊疗量达28257人次，年均诊疗量达7064人次。

2026年获批国家中医药管理局的“妇幼健康领域全国名老中医药专家传承工作室建设项目”。

2025年获批广东省“十四五”中医药重点专科和特色专科建设项目。

2023年我院成功获批“广州市三级名中医工作室建设项目”，全国名中医罗颂平、广东省名中医邹旭教授为建设项目指导老师，下沉我院开展传承带教工作，中医科6名骨干获批跟师学习；我院郑泳霞主任中医师为建设项目指导老师，下沉番禺区第五人民医院开展中医传承工作，带教1名中医骨干。

2022年我院获得第一批“广东省妇幼保健机构中医药工作示范基地创建单位”建设项目。

2022年7月我院获批广州市卫生健康委关于广州市针灸医院“1+N”建设项目联盟单位。

2021年开设以妇幼特色治疗为主的中医治未病专科，围绕母婴安康为主题的模式。为妇女提供体质辨识及健康指导。我院“中医治未病对备孕女性体质的干预”获得广州市卫健委治未病建设项目，为备孕女性的孕前调理提供完备的个性化治疗方案。

2019年我院中医妇科获评全国妇幼健康中医（中西医结合）基层重点专科及广州市中医特色专科培育项目；2020年我院中医妇科获批“广州市重大疑难疾病中西协同治疗示范建设单位”；2021年依托广州中医药大学第一附属医院成功申报广州市岭南中医药非物质文化遗产保护工作站；同时也是粤港澳大湾区及华南中医妇科联盟单位。我院中医妇科是“岭南罗氏妇科流派传承工作室”番禺工作站，拥有岭南罗氏妇科流派第四代传承人1名；同时拥有龙砂医学流派后备传承人1名。2022年获批罗颂平全国名中医传承工作室广州市番禺区妇幼保健院工作站。

我院不断提升妇幼保健机构中医药文化建设，提高公众对中医知晓率，在各种媒体发表中医科普文章；到社区、学校、企业等地进行健康宣讲；参加各种义诊活动等。2021年始开通中医互联网就诊服务，可为患者通过互联网线上就诊、开电子处方、送药到家等中医医疗服务。